Foire aux questions

Ce qui change avec la réforme de la TVA

À partir du 1er octobre, l’entreprise ne peut demander la subrogation de paiement que sur les dispositifs suivants :

  • Le Plan de Développement de Compétences, uniquement pour les entreprises de moins de 50 salariés,
  • campusAtlas et cap compétence par campusAtlas (subrogation obligatoire) dans la limite des prises en charge Atlas,  
  • Les contrats d’apprentissage (subrogation obligatoire).  

Dans tous les autres cas, la subrogation de paiement ne peut pas être demandée. 

L’entreprise règle directement l’organisme de formation, puis demande un remboursement à Atlas. C’est notamment le cas sur les dispositifs suivants :  

  • Entreprises de moins de 50 salariés : Plan de Développement des Compétences au-delà de l’enveloppe légale,
  • Entreprises de plus de 50 salariés : Plan de Développement des Compétences,
  • Contrat de professionnalisation,
  • Parcours stratégique,
  • Périodes de reconversion, 
  • Cofinancements,
  • … 

L’application de la subrogation de paiement ou non est mentionnée dans le courrier d’accord transmis par Atlas, et dans l’espace myAtlas entreprise.  

En cas d’application de la subrogation de paiement, l’organisme de formation (OF) est informé via le courrier d’accord transmis par Atlas. L’information figure également dans l’espace myAtlas prestataires de l’organisme de formation.  

À partir du 1er octobre 2026 : Si l’organisme de formation (OF) reçoit un courrier d’accord de la part d’Atlas mentionnant la mise en place de la subrogation de paiement, l’organisme de formation doit facturer Atlas. 

Cette situation peut se présenter sur les dossiers suivants : 

  • Dossier financé uniquement sur le Plan de Développement des Compétences pour les entreprises de moins de 50 salariés, si l’entreprise en fait la demande,
  • campusAtlas ou cap compétences par campusAtlas dans la limite des prises en charge Atlas,
  • Contrat d’apprentissage.

En l’absence de courrier d’accord d’Atlas, l’OF doit facturer directement l’entreprise, qui demandera un remboursement à Atlas. Cette situation peut se présenter sur tout autre dispositif que ceux mentionnés ci-dessus, notamment :  

  • Entreprises de moins de 50 salariés : Plan de Développement des Compétences au-delà de l’enveloppe légale,
  • Entreprises de plus de 50 salariés : Plan de Développement des Compétences,
  • Contrat de professionnalisation,
  • Parcours stratégique,  
  • Périodes de reconversion,
  • Cofinancements,
  • … 

Le traitement dépend du mode de facturation déjà en place sur le dossier :

Dossiers engagés avec subrogation de paiement avant le 1er octobre : pas de changement, Atlas règle la facture à l’organisme de formation directement.

Exemple : un contrat de professionnalisation a été engagé le 1er septembre 2026, avec la subrogation de paiement activée. Toutes les factures de ce dossier devront être adressées par l’organisme de formation à Atlas. Atlas règle les factures à l’organisme de formation.  

Dossiers engagés en remboursement avant le 1er octobre : l’organisme de formation envoie sa facture et les justificatifs à l’entreprise. A partir du 1er octobre 2026, Atlas ne reçoit plus de factures émises par les entreprises. L’entreprise doit faire une demande de remboursement à Atlas. 

Exemple : un contrat de professionnalisation a été engagé le 1er septembre 2026, sans subrogation de paiement. L’organisme de formation facture l’entreprise. Pour obtenir un remboursement de la part d’Atlas, jusqu’au 30 septembre 2026, l’entreprise doit émettre une facture TTC à destination d’Atlas. A partir du 1er octobre, le module de dépôt de facture par les entreprises ne sera plus accessible. L’entreprise doit faire une demande de remboursement à Atlas, sur la partie HT.  

La date de référence est celle du premier engagement du dossier par Atlas et non la date de conclusion du contrat. Concrètement, il s'agit de la date figurant sur le tout premier courrier d'accord édité pour ce dossier.

Le mode de fonctionnement est strictement identique. Il n’existe pas de cas de subrogation additionnel possible si l’organisme de formation est exonéré de TVA.  

Exemple : Dossier contrat de professionnalisation dont l’organisme de formation est exonéré de TVA. Lors du dépôt de sa demande de prise en charge, la subrogation de paiement n’est pas proposée à l’entreprise car le contrat de professionnalisation ne fait pas partie des exceptions à la subrogation de paiement. Atlas engage donc le dossier en remboursement. L’organisme de formation facture l’entreprise HT. L’entreprise demande un remboursement à Atlas sur la partie HT. 

Le mode de fonctionnement est strictement identique. Il n’existe pas de cas de subrogation supplémentaire possible si l’entreprise est exonérée de TVA.

Exemple : pour un contrat de professionnalisation où l'organisme de formation est assujetti à la TVA mais l'entreprise ne l'est pas, la subrogation de paiement n'est pas proposée à l'entreprise, car ce type de contrat ne fait pas partie des exceptions à la subrogation de paiement. Atlas engage donc le dossier en remboursement : l'organisme de formation facture l'entreprise TTC, qui demande ensuite le remboursement de la part HT à Atlas.

Oui. En cas de subrogation de paiement, Atlas règle la facture TTC à l'organisme de formation, dans la limite de l'accord de prise en charge.

Atlas rembourse uniquement la part HT à l'entreprise, à hauteur de l'accord de prise en charge.

Le mode de demande dépend du dispositif :

Pour les actions de formation sans prestataire externe comme l’AFEST ou la formation interne, l’entreprise fait une demande de remboursement au titre des frais pédagogiques, en joignant le certificat de réalisation uniquement. Afin de pouvoir valider la demande de remboursement et pour ces dossiers uniquement, il est demandé de joindre le certificat de réalisation 2 fois : une fois dans la zone facture, et une fois dans la zone certificat de réalisation. Une évolution prochaine de la plateforme de remboursement permettra de ne joindre ce document qu’une seule fois.  

Pour l’aide à la fonction tutorale ou l’aide à la fonction de maître d’apprentissage, l’entreprise en demande le paiement via la plateforme dédiée depuis son compte MyAtlas, onglet « Demandes de remboursement » en cliquant sur « Remboursement tuteur ». 

Dans tous les cas, le paiement est réalisé en HT. 

Oui, mais uniquement sur la part prise en charge. Si l'enveloppe ne couvre que partiellement l'action de formation, la subrogation de paiement s'applique sur cette part : l'organisme de formation facture Atlas pour la part prise en charge, et l'entreprise pour le solde. Les deux factures sont émises en TTC si l'organisme de formation est assujetti à la TVA.

Exemple : une action de formation à 3 000 € HT (soit 3 600 € TTC) est délivrée par un organisme de formation assujetti à la TVA. L'entreprise demande la prise en charge avec subrogation de paiement, mais son enveloppe Plan de Développement des Compétences ne dispose plus que de 1 000 € HT. Atlas accorde la prise en charge sur ce montant et confirme l'application de la subrogation sur cette part. Une fois l'action réalisée, l'organisme de formation facture 1 200 € TTC (1 000 € HT + 200 € TVA) à Atlas, qui règle directement. Pour le solde, l'organisme de formation facture 2 400 € TTC (2 000 € HT + 400 € TVA) à l'entreprise.

Certaines branches professionnelles disposent de budgets additionnels financés par la contribution conventionnelle.  

Si le budget de l’enveloppe initiale dédiée aux entreprises de moins de 50 salariés est épuisé, c’est le budget de l’enveloppe conventionnelle qui prend le relai pour financer les actions. La subrogation de paiement n’est pas possible si l’enveloppe conventionnelle est utilisée.  

Tous les OPCO sont concernés par cette réforme. En revanche, si les grands principes sont similaires d'un OPCO à l'autre, les organismes de formation doivent se renseigner sur le fonctionnement spécifique de chacun des OPCO avec lesquels ils travaillent, les modalités précises pouvant varier.

Modalités pratiques de mise en oeuvre

C’est l’entreprise qui doit effectuer cette démarche. 

La demande de remboursement est à compléter sur myAtlas entreprise. L’entreprise y joint les pièces justificatives : copie de la facture (acquittée ou non) et certificat de réalisation. L’organisme de formation doit donc fournir ces pièces à l’entreprise.  

L’organisme de formation n’a pas de démarches à effectuer auprès d’Atlas.  

Non, ce n’est pas obligatoire. L’entreprise indiquera lors de sa demande de remboursement le dossier sur lequel elle souhaite effectuer sa démarche.

Non, il n’est pas nécessaire que cette facture soit acquittée.

L’entreprise peut faire une demande de remboursement à Atlas à chaque facture transmise par l’organisme de formation, dès lors que celle-ci peut être accompagnée d’un certificat de réalisation.  

Les acomptes ne peuvent donc pas faire l’objet d’un remboursement.  

Les paiements échelonnés, en revanche, s’ils correspondent à une prestation partiellement réalisée, peuvent faire l’objet d’un remboursement.  

Il n’y a pas de délai prédéfini. En revanche le remboursement portant obligatoirement sur une formation réalisée, une durée suffisante est nécessaire pour justifier d’une première demande de remboursement.  

Atlas met tout en œuvre pour régler les demandes de remboursement dans un délai de 15 jours environ. 

Ce délai peut être variable en fonction de la charge d’activité.

La facture globale de l’organisme de formation peut être jointe à la demande de remboursement, y compris intégrant la TVA et des frais annexes pris en charge ou non par Atlas. 

Atlas remboursera les frais pédagogiques HT au prorata des heures effectivement réalisées, conformément à l’accord de prise en charge et au certificat de réalisation.  

Si d’autres frais figurent sur la facture, Atlas n’en tiendra pas compte.  

Cela dépend du mode de traitement du dossier :

Avec subrogation de paiement : la facture émise par l’organisme de formation à destination d’Atlas doit correspondre exactement à la prestation réalisée. Ild doit traiter directement avec l’entreprise pour obtenir le règlement du différentiel.  

En remboursement : l’organisme de formation facture l’entreprise de la totalité de la prestation conformément aux CGV. L’entreprise effectue sa demande de remboursement avec une copie de cette même facture, et le certificat de réalisation mentionnant les heures réellement effectuées. Atlas rembourse l’entreprise au prorata des heures réellement effectuées.  

 

Cela dépend du statut TVA de l'organisme de formation et du type de prestation :

Organisme de formation assujetti à la TVA : la TVA doit obligatoirement figurer sur la facture adressée à l'entreprise. L'entreprise règle la facture TTC, puis demande à Atlas un remboursement sur la part HT, en joignant une copie de la facture et le certificat de réalisation.

Organisme de formation non assujetti à la TVA : la facture est émise sans TVA (il n'est pas fiscalement possible d'en faire figurer). L'entreprise règle cette facture sans TVA à l'organisme de formation, puis demande un remboursement à Atlas. Le montant demandé en remboursement est alors identique au montant réglé, puisqu'il n'y a pas de TVA (dans la limite de l'engagement d'Atlas).

Cas particulier des contrats d'apprentissage : ces dossiers sont obligatoirement engagés avec subrogation de paiement, y compris après le 1er octobre. Même si le CFA est assujetti à la TVA, celle-ci ne figure pas sur la facture : les CFA bénéficient d'une exonération de plein droit de la TVA pour leurs prestations liées aux contrats d'apprentissage.

Prestataires : la facturation électronique

Dans le cas d'un dossier accordé avec subrogation de paiement, pour un organisme de formation concerné par la facturation électronique dès 2026, la facture doit être transmise à Atlas par ce biais, avec les éléments suivants :

  • Adresse de facturation électronique Atlas (dossiers formation) : 851296632_FORMATION

  • Numéro de dossier : à renseigner obligatoirement dans le champ BT13

  • Pièces justificatives (certificat de réalisation notamment) : à joindre en pièce jointe lors de l'envoi de la facture

La demande va être traitée par Atlas, et l’organisme de formation recevra une relance de la part d’Atlas demandant de transmettre les justificatifs via myAtlas prestataire.

Non, ce n’est pas nécessaire.

Oui, tout à fait.

Prestataires : le traitement de l'apprentissage

Oui, la procédure n'a pas changé : les outils actuels restent à privilégier pour la facturation des contrats d'apprentissage, qui n'entrent pas dans le périmètre de la facturation électronique.

L’apprentissage étant exonéré de TVA, la facturation des contrats d’apprentissage n’entre pas dans le champ de la facturation électronique. Il est fortement conseillé aux CFA de poursuivre l’utilisation des services existants (API CFA, plateforme Pro-forma) qui permettent une instruction accélérée et garantissent des délais de paiement réduits. 

Oui, la procédure n’a connu aucun changement : les outils actuels sont à privilégier pour la facturation des contrats d’apprentissage qui n’entre pas dans le périmètre de la facturation électronique. 

Entreprises : versements volontaires et gestion avancée 2027

Oui, mais en remboursement des actions et non en subrogation de paiement.

Dans ce cas, l’entreprise dépose sa demande de prise en charge sur myAtlas entreprise. Après la réalisation de l’action, l’entreprise reçoit de l’organisme de formation, la certification de réalisation et la facture, puis règle cette dernière, et utilise ces justificatifs pour effectuer une demande de remboursement sur myAtlas entreprise.  

Le service de gestion avancée permettra de bénéficier de la subrogation de paiement sur tous les dispositifs, y compris, par exemple, le contrat de professionnalisation. Seul l’apprentissage reste exclu concernant le paiement des restes à charge entreprise ou de la participation forfaitaire obligatoire. 

La subrogation restera accessible en dehors du service de gestion avancée pour les dispositifs ouverts dès octobre 2026 (plan de développement des compétences -50 salariés, campusAtlas dans le cadre des financements Atlas, apprentissage).

La date d’ouverture exacte du service gestion avancée, sera communiquée ultérieurement.  

Le service se déroule en 5 étapes :

1. Constitution du budget : l'entreprise confie un budget à Atlas par prélèvement ou virement.
Atlas applique des frais de gestion de 4 % sur ces versements. La TVA est calculée uniquement sur ces frais de gestion ; une facture permet à l'entreprise de la récupérer.

2. Dépôt des demandes : l'entreprise dépose ses demandes de prise en charge sur MyAtlas entreprises, en indiquant qu'elle souhaite mobiliser son budget pour financer un éventuel reste à charge, et bénéficier de la subrogation de paiement.

3. Engagement des dossiers : Atlas mobilise le budget de l'entreprise pour financer le reste à charge sur les dossiers — ou l'intégralité du dossier si les enveloppes Atlas sont épuisées. Le budget couvre au minimum la TVA du dossier.

4. Règlement : une fois l'action réalisée, l'organisme de formation facture Atlas et transmet le certificat de réalisation. Atlas règle la facture.

5. Restitution mensuelle : chaque mois, Atlas transmet à l'entreprise une facture acquittée récapitulant les dépenses du mois écoulé, qui lui permet de récupérer la TVA.

Exemple : une entreprise souhaite engager 6 dossiers (3 dossiers campus, 1 dossier Plan de Développement des Compétences, 1 dossier Parcours stratégique). Avec son conseiller, elle estime un reste à charge de 10 000 € HT pour une prise en charge Atlas de 20 000 € HT. Travaillant avec des organismes de formation assujettis à la TVA (taux de 20 %), elle confie à Atlas un budget de 12 000 € (reste à charge + TVA). Lors de ses demandes de prise en charge, elle indique vouloir bénéficier de la subrogation de paiement. Atlas se charge ensuite du règlement des factures et de la collecte des justificatifs. L'entreprise bénéficie ainsi des tarifs négociés campusAtlas au-delà des deux parcours accessibles sans frais dans l'année, et n'a pas eu à avancer l'intégralité des frais du parcours stratégique, seulement son reste à charge. Il ne lui reste plus qu'à enregistrer comptablement les factures acquittées pour récupérer la TVA.

Il est nécessaire de se rapprocher de chaque OPCO pour connaître ses projets sur ce sujet.