La réforme de la facturation électronique est entrée en vigueur le 1er septembre 2026. Cette évolution majeure suscite de nombreuses interrogations chez les organismes de formation et les CFA quant aux modalités de transmission de leurs factures : une précision s'impose, car les factures liées aux contrats d'apprentissage ne relèvent pas de cette obligation.
Une obligation liée à la TVA
L'obligation de facturation électronique vise les opérations soumises à la TVA. Or l'apprentissage en est exonéré. Les factures relatives aux prises en charge des contrats d’apprentissage doivent donc continuer à suivre leur circuit habituel, sans passer par les plateformes de facturation électronique.
Aucun changement n'est à prévoir sur ce point, y compris pour les frais de mobilité internationale sur contrat d'apprentissage, qui restent facturables à Atlas selon la procédure habituelle.
Pourquoi privilégier les outils existants ?
Depuis plusieurs années, Atlas fait évoluer ses processus et ses outils pour fluidifier le traitement des contrats d'apprentissage. Après la mise en place de la plateforme Pro-forma, le déploiement de l'API CFA a nettement accéléré les règlements. Le principe est simple : chaque facture transmise par ces canaux est directement liée à l'échéance de paiement attendue, ce qui permet de l'instruire plus rapidement.
À l'inverse, une facture d'apprentissage transmise par une plateforme de facturation électronique ne peut pas être associée directement à un échéancier. Elle nécessite des contrôles supplémentaires, ce qui allonge inévitablement son délai de paiement.
Les bons réflexes à adopter
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Pour les factures d'apprentissage : poursuivre l'utilisation de l'API CFA ou de la plateforme Pro-forma, ainsi que des services de dépôt dédiés mis à disposition par Atlas et par les autres OPCO.
- Pour les autres factures, soumises à TVA : elles suivent bien entendu les nouvelles règles de la réforme.
Ce circuit permet aux CFA d'être réglés dans les meilleurs délais et de préserver leur trésorerie.
Pour aller plus loin
Toutes les réponses sont à retrouver dans la FAQ Réforme de la TVA, rubrique « Prestataires : le traitement de l'apprentissage ».
Les équipes d'Atlas restent à disposition pour toute question.